深夜バス （2024,4月のダイヤ改正で運行終了となります。）
青葉台駅→十日市場駅→若葉台中央（350系統） （若葉台営業所）
青葉台駅→青葉台営業所前→十日市場駅→中山谷→中丸入口→霧が谷→霧が丘高校→若葉台近隣公園→地区公園→若葉台中央
（平日２本 土曜日２本）
十日市場駅→中山谷→中丸入口→霧が谷→霧が丘高校→若葉台近隣公園→地区公園→若葉台中央
（平日１本 土曜日１本）
青葉台駅→青葉台営業所前→十日市場駅→中山谷→中丸入口→霧が谷→霧が丘高校→若葉台近隣公園→地区公園→若葉台中央→星槎中学高校前
（平日１本）
65系統の深夜便です。23系統のルートの深夜便は東急バスが担当しています。
2010,5月中旬から、平日の十日市場駅始発24:05の便は廃止となります。また、経由地が一部変更となり、地区公園を経由するようになります。
2015,1月より、大貫谷公園（現：星槎中学高校前）まで延伸し、試験運行を開始しましたが、6月より、本格運行となっています。
上大岡駅→野庭中央公園→港南車庫（351系統） （港南営業所）
上大岡駅→吉原→日野橋→公務員住宅入口→すずかけ通→天谷→野庭団地センター→野庭中央公園→野庭団地東口→清水橋→港南車庫
（平日３本 土曜日２本）
51系統の深夜便です。わりと遅い時間まで運行されています。
2010,2月中旬より、野庭中央公園から清水橋経由で港南車庫まで延伸されています。
鴨居駅→西谷駅→千丸台団地（353系統） （緑営業所）
鴨居駅→中村通→鴨居町→竹山団地折返場→笹山団地→笹山団地中央
→笹山団地入口→上菅田町→梅の木→西谷駅→下白根橋→稲荷通→千丸台団地
（平日２本 土曜日２本）
56系統の深夜便と、62系統の深夜便の性格を兼ねているようです。竹山団地折返場～笹山団地間は通常便は運転されることなく、深夜バスしか走らない区間となっています。西谷駅からは62系統の性格を持ちますが、62系統にはこのほかに、横浜駅西口からの神奈中バスの深夜便があります。
鴨居駅→西谷駅→緑車庫（354系統） （緑営業所）
鴨居駅→鴨居橋→白山１丁目→白山高校→千丸台団地→稲荷通→下白根橋→西谷駅→梅の木→上菅田町→笹山団地→笹山団地中央→笹山団地入口→竹山団地折返場
→鴨居町→中村通→鴨居橋→白山１丁目→緑車庫
（平日１本）
鴨居駅→稲荷通間は119系統と同じルートです。119系統の深夜便の役割を果たしていますが、白山高校では２箇所停車になっています。ターミナルにもまわるようです。（通常の白山高校正門前先まわり便はターミナルを通りません。）
西谷駅→笹山団地内間は92系統の深夜便の性格を持っています。
２回目の笹山団地入口を発車すると、353系統にもあるように、深夜バス限定の区間を走り、竹山団地内へ向かいます。
竹山団地からは56系統の経路を走りますが、中村通の先で左折して、緑車庫へ帰ります。そのため、鴨居橋、白山１丁目は２回停車することになります。
鶴見駅西口→大倉山駅→川向町（355系統） （港北営業所）
鶴見駅西口→東寺尾５丁目→白幡→宝蔵院前→東高校→内路→法隆寺前→菊名駅
→港北区総合庁舎→大倉山駅→新羽橋→新羽駅→新開橋→東方町→川向町折返場
（平日１本）
鶴見駅西口→東寺尾５丁目→白幡→宝蔵院前→東高校→内路→法隆寺前→菊名駅
→港北車庫
（平日１本）
41系統の深夜便です。前者の便は、大倉山駅でも新羽駅でも使えます。2012,3月中旬まで、大倉山駅→川向町（356系統）（平日１本）も運行されていましたが、廃止となっています。
保土ヶ谷駅西口→保土ヶ谷車庫（358系統） （保土ヶ谷営業所）
保土ヶ谷駅西口→桜ヶ丘→花見台→明神台→星川駅→大門通→天王町駅
→保土ヶ谷車庫
（平日１本 土曜日１本）
保土ヶ谷駅西口から天王町までは25系統と同じルートですが、天王町の先の交差点で左折し、水道道を通って保土ヶ谷車庫へ向かいます。この区間は通常便の通らない、回送便とこの深夜バスが走る区間となっています。
根岸駅→磯子駅（361系統） （滝頭営業所）
根岸駅→原町→市電保存館前→岡村町→横浜岡村郵便局前→笹堀→広町→浜小学校→汐見台ストアー前→屏風ヶ浦駅→磯子車庫前→磯子駅
（平日１本 土曜日１本）
21系統と78系統を合わせたような路線です。2008,4月中旬まで、根岸駅→市電保存館前→岡村町→広町→浜小学校前→汐見台循環→浜小学校前を運行する深夜バスがありましたが、磯子駅発に改編されています。なお、根岸駅発で見ると、市電保存館前まで行くバスがこの後、103系統の深夜バスが平日のみ24:15にあります。
横浜駅西口→東横反町駅→保土ヶ谷車庫（362系統）
（保土ヶ谷営業所）
横浜駅西口→青木橋→反町→東横反町駅→松本→栗田谷→神大寺入口→片倉町入口→三ツ沢西町→三ツ沢総合グランド入口→浅間下→洪福寺→峯小学校
→保土ヶ谷車庫
（平日１本）
50系統松本先まわり循環線と同じルートですが、浅間下からは横浜駅西口へは行かず、保土ヶ谷車庫へ帰ります。横浜駅西口では、地下街が23時に閉鎖され、通常便と同じのりばが使えず、ヨドバシカメラ側ののりばから発車します。
2020,5月ダイヤ改正で運行終了となり、50系統の平日22時台に通常便が増便となります。
横浜駅→桜木町駅→山下町→本牧車庫（363系統） （本牧営業所）
横浜駅→桜木町駅→本町４丁目→中華街入口→山下橋→小港橋→和田山口→本牧原
→三溪園入口→本牧大里町→本牧車庫
（平日２本 土曜日１本）
８系統の深夜便です。105系統の深夜バスに比べて、平日は１本多く運行されています。
横浜駅→桜木町駅→尾上町→本牧車庫（364系統） （本牧営業所）
横浜駅→桜木町駅→地下鉄関内駅→市庁前→元町→本郷町→小港→和田山口→本牧原
→間門→本牧市民公園→本牧車庫
（平日１本 土曜日１本）
105系統の深夜便ですが、間門を経由して本牧車庫へ帰ります。通常便の間門経由は廃止となっていますが、深夜バスの間門経由は運行を継続しています。
鶴見駅→一の瀬（365系統） （鶴見営業所）
鶴見駅→三角→三ツ池道→末吉橋→一の瀬
（平日１本 土曜日１本）
13系統の深夜便です。夜遅くの一の瀬行きでありながらも、担当は鶴見営業所です。
横浜駅→根岸駅→市電保存館前（366系統） （滝頭営業所）
横浜駅→戸部駅→西平沼橋→御所山→上原→日の出町１丁目→長者町５丁目
→伊勢佐木長者町駅→山元町→旭台→不動下→根岸駅→原町→市電保存館前
（平日１本）
103系統と21系統の深夜便です。根岸駅→市電保存館前間は他にも磯子駅行きの深夜バスが運行されています。
洋光台駅→さわの里小学校（367系統） （港南営業所）
洋光台駅→萩台→向坂→上中里町→下ヶ谷→上中里団地→さわの里小学校
（平日２本）
107系統の深夜便です。最終バスと同じく、上中里団地の１つ先、さわの里小学校が終点となります。
江田駅～仲町台駅（370系統） （港北営業所）
江田駅～荏田高校～荏田南～池田～都筑ふれあいの丘～平台～仲町台駅
（→平日１本）
301系統の深夜便です。両方向運行されていましたが、2019,3月のダイヤ改正で、仲町台駅発の平日１本と、江田駅発の平日１本、土曜日１本は運行終了となっています。
市が尾駅→石橋（372系統） （緑営業所）
市が尾駅→泉天ケ谷公園→川和高校入口→見花山→川和富士公園入口→川和中学校
→石橋
（平日３本）
305系統の深夜便です。当初２便設定されていましたが、後に１便増便されています。
横浜駅西口→中山駅（373系統） （緑営業所）
横浜駅西口→青木橋→東神奈川駅西口→六角橋→六角橋北町→岸根→小机駅→泉谷寺前→東本郷町→鴨居駅→緑車庫→中山町→中山駅
（平日１本）
この深夜バスは他のものと性格が違い、ＪＲ横浜線の終電発車後に設定されており、「超深夜バス」とも呼ばれています。39系統の経路を走ります。2013,3月中旬より、中山駅→十日市場駅間が廃止となり、中山駅までの運行となっています。
東戸塚駅→平戸２丁目→東戸塚駅（374系統） （保土ヶ谷営業所）
東戸塚駅→グリーンタウン入口→境木中学校→平戸３丁目→町内会館入口→平戸２丁目→公務員住宅前→平戸３丁目→境木中学校→グリーンタウン入口→東戸塚駅
（平日２本）
東戸塚駅→グリーンタウン入口→境木中学校→平戸３丁目→町内会館入口→平戸２丁目
→平戸幼稚園入口
（平日１本）
東戸塚駅→グリーンタウン入口→境木中学校→平戸３丁目→町内会館入口
（平日２本）
21０系統の深夜便です。わりと遅い時間まで走っています。中型車の新車投入後、公務員住宅前行き３本のうち２本が、町内会館入口までの運行となりましたが、従来の小型車から中型車の運行に変わっています。2017,10月のダイヤ改正より、全便が中型車の運行に切り替わっています。
磯子駅→屏風ヶ浦駅→市電保存館前（375系統） （滝頭営業所）
磯子駅→磯子車庫→屏風ヶ浦駅→汐見台ストアー前→汐見台２丁目→汐見台３丁目→浜小学校→広町→笹堀→横浜岡村郵便局前→岡村町→市電保存館前
（平日１本）
70系統と78系統を合わせたような路線です。2008,4月中旬まで、根岸駅→市電保存館前→岡村町→広町→浜小学校前→汐見台循環→浜小学校前を運行する深夜バスがありましたが、この路線が廃止となり、磯子駅発に改編されました。2019,3月のダイヤ改正で、土曜日の１便は運行終了となっています。
保土ヶ谷駅東口→瀬戸ヶ谷小学校→保土ヶ谷駅東口（376系統）
（保土ヶ谷営業所）
保土ヶ谷駅東口→保土ヶ谷橋→北永田→山王下→瀬戸ヶ谷小学校→保土ヶ谷町２丁目
→保土ヶ谷橋→保土ヶ谷駅東口
（平日１本）
212系統の深夜便です。深夜バス小型車路線は210系統に次いで２つ目になります。
東神奈川駅西口→片倉町駅→西菅田団地→緑車庫（377系統） （緑営業所）
東神奈川駅西口→六角橋→神大寺→日枝橋→片倉町駅→菅田町入口→中村→ひまわり団地
→西菅田団地→菅田町→鴨居駅→緑車庫
（平日１本）
36系統の深夜便です。運転本数が多いわりには永らく深夜バスの設定がありませんでしたが、2009,11月にようやく設定されました。西菅田団地を経由します。
横浜駅→阪東橋→滝頭（378系統） （滝頭営業所）
横浜駅→戸部駅→浜松町→藤棚→阪東橋→浦舟町→千歳橋→中村橋→滝頭
（平日１本）
2009,11月に設定された、102系統の深夜便です。